pandoc:parallel-io:04_parallel_filesystems_on_vsc3:parallel_filesystems_on_vsc3_german [VSC Wiki]

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====== VSC-3 ======

  * Installation Sommer 2014 durch ClusterVision
  * 2020 Nodes
    * 2x Intel Xeon E5-2650v2, 2.6 GHz, 8 Cores
    * 64 GB Ram
    * 2x Infiniband QDR (40 GBit/s)
    * Ölgekühlt
  * 39 Storage Server
    * 9 Server für Home Filesysteme
    * 8 Server für paralleles Global/Scratch Filesystem
    * 16 Server für parallele Bioinformatik Filesysteme
    * 2 Server für GPFS
    * 4 Server für Testing

====== Parallele Dateisysteme am VSC-3 ======

  * Home Verzeichnisse
    * NFS mounts via Infiniband QDR
  * BeeGFS
    * Geteiltes Filesystem für alle User
    * Mehrere Targets/Server (GLOBAL, BINF)
  * IBM GPFS
    * Kooperation mit EODC (https:%%//%%www.eodc.eu)
    * Remote Cluster für EODC Filesysteme

====== BeeGFS (1/2) ======

  * Erstellt vom Fraunhofer Center for High Performance Computing / ThinkparQ
    * Ease of Use
    * Performance
    * Scalability
    * Aufteilung Management / Metadaten / Daten
    * Management Server
      * Verbindung der Nodes
      * Handling von Quotas
    * Metadaten Server
      * Speichern Metadaten
      * Root Metadaten Server
      * Metadaten Mirroring möglich
      * Benötigen Filesystem (Typischerweise ext4)
        * Idealerweise auf schnellen SSDs

====== BeeGFS (2/2) ======

  * Storage Server
    * Speichern Daten
    * Mirroring möglich
    * Benötigen Filesystem (Oftmals xfs)
  * Monitoring
    * BeeGFS-Admon daemon
    * Command-Line tool
    * Graphisches tool (Java)

====== Setup am VSC-3 (1/2) ======

  * 8x Storage Server für Global/Scratch Filesystem
    * Intel Xeon E5-1620 v2, 4 Cores / 8 Threads, 3.70 GHz
    * 128 GB Ram
    * 48x Toshiba 2 TB SAS Disks (MG03SCA200)
      * Arrangiert in vier Raid6 Arrays zu je 12 Disks
      * LSI SAS2208 Controller
    * 2x Samsung 240 GB SSDs (MZ7WD240)
      * Raid 1 (Linux Software Raid)
    * 2x Infiniband QDR Controller (40 GBit/s)
    * RDMA
    * Provisionierung der Betriebssysteme In-Memory
      * Mittels Bright Cluster Manager
    * CentOS 7.4
    * Projekt-Quotas
    * 384 Disks
    * ~0.5 PiB Space
    * ~20 GiB/s Durchsatz

====== VSC - Fileserver ======

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====== Setup am VSC-3 (2/2) ======

  * 16x Storage Server für Bioinformatik Filesystem
    * Computing auf den Knoten möglich
    * 2x Intel Xeon E5-2690 v4, 14 Cores / 28 Threads, 2.60GHz
    * 0.5TB - 1.5TB Ram
    * 12x Seagate 8 TB SAS Disks (ST8000NM0075)
      * 1 Raid6 Array an LSI SAS-3 3108 Controller
    * 4x Intel DC P3600 SSDs
      * 1 Raid10 (Linux Software Raid)
    * 1x Infiniband QDR Controller (40 GBit/s)
    * 1x Intel Omnipath Controller (100 GBit/s)
    * RDMA
    * Provisionierung der Betriebssysteme In-Memory
      * Mittels Bright Cluster Manager
    * CentOS 7.2
      * Projekt-Quotas
      * 192 Disks
      * 64 SSDs
      * ~1.1 PiB Space (100 TiB auf SSDs)
      * ~80 GiB/s Durchsatz

====== VSC3 - Bioinformatics ======

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====== Storage Performance ======

{{:pandoc:parallel-io:04_parallel_filesystems_on_vsc3:parallel_filesystems_on_vsc3_german:vsc3_storage_performance.png}}

====== Erfahrungen ======

  * Bugs?
    * Ja, speziell bei neuen Features
  * Support?
    * Exzellent
  * Bedienung?
    * Relativ einfach mittels beegfs-ctl und Installations-Skripts
    * Läuft problemlos auf provisionierten in-memory images
  * Tipps?
    * Metadaten Targets groß genug wählen
    * Beim Einsatz neuer Features diese zuerst Testen ;)
    * Kein automatisches rebalancing beim Hinzufügen neuer Targets (manuell möglich)
    * Viel Ram
    * Kein Random I/O

====== IBM GPFS ======

  * General Purpose Filesystem
    * Früher Multimedia Filesystem
    * Linux Support seit 1999
    * Storage Pools
    * Cluster Export Services
      * Hadoop
  * Features
    * Striping
    * n-way Replication
    * Raid (Spectrum Scale Raid)
      * Fast Rebuild
  * In vielen TOP500 Systemen im Einsatz
    * SuperMUC / München
    * Juron, Julia / Jülich
    * …

====== GPFS @ EODC ======

  * EODC - Earth Observation Data Center for Water Resources Monitoring
    * Processing Large Volumes of EO Data
    * Sentinel Satellitendaten\\

    * Viele Petabytes
  * IBM ESS (Elastic Storage Server)
    * Building Blocks
    * Skalierbar
  * 2xESS
    * 4 Server
    * TS4500 Tape Library
    * TSM
  * Muti-Tiered (IBM HSM)
    * Dateien mit ältestem zugriffsdatum kommen auf Tape
    * Bei Zugriff auf Stub File wird die Datei wieder vcon Tape auf Disk geholt
    * Schedules, Callbacks, Migration Control, etc…

====== GPFS Server @ VSC-3 ======

  * Verbindung mittels Infiniband QDR
    * 2 Management Server für Remote Cluster
      * Tie-Breaker Disk an dritter Maschine für Quorum
    * Keine Filesysteme / Keine Disks (nur Remote FS von EODC)
    * GPFS 4.2.0
    * 12 Infiniband QDR Links
    * 500 Client Lizenzen
    * ~40GiB/s Durchsatz

====== Erfahrungen ======

  * IBM typisch manchmal archaische Programme
    * Aber an sich Ok
  * Integration in bestehende Systeme
  * mmdsh als integrierte verteilte shell
  * Nettes GUI / Monitoring

====== Ende ======

  * Danke für die Aufmerksamkeit