Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Next revision		 Previous revision
doku:abaqus6 [2015/04/16 07:25] – created jzdoku:abaqus6 [2015/09/30 13:04] (current) – markus
Line 4: Line 4:
 <code> <code>
 #!/bin/bash #!/bin/bash
-#SBATCH -J bb_ab1+#SBATCH -J abaqus
 #SBATCH -N 2 #SBATCH -N 2
 #SBATCH --ntasks 32 #SBATCH --ntasks 32
Line 22: Line 22:
 echo "mp_host_list=${mp_host_list}" >> ~/abaqus_v6.env echo "mp_host_list=${mp_host_list}" >> ~/abaqus_v6.env
  
-abq6141 env=mp_host_list job=bb_aba1 cpus=$cpus parallel=domain domains=32 mp_mode=mpi input=e1.inp</code>+abq6141 env=mp_host_list job=bb_aba1 cpus=$cpus parallel=domain domains=32 mp_mode=mpi input=input_file</code> 
 + 
 + 
 +abaqus_v6.env: 
 +<code> 
 +# 
 +#        System-Wide Abaqus Environment File 
 +#       ------------------------------------- 
 +standard_parallel = ALL 
 +mp_mode = MPI 
 +scratch  = "/fhgfs" 
 +mp_file_system = (DETECT,DETECT) 
 +mp_num_parallel_ftps = (4, 4) 
 +mp_environment_export = ('MPI_PROPAGATE_TSTP', 
 +                         'ABA_CM_BUFFERING', 
 +                         'ABA_CM_BUFFERING_LIMIT', 
 +                         'ABA_ITERATIVE_SOLVER_VERBOSE', 
 +                         'ABA_DMPSOLVER_BWDPARALLELOFF', 
 +                         'ABA_ELP_SURFACE_SPLIT', 
 +                         'ABA_ELP_SUSPEND', 
 +                         'ABA_HOME', 
 +                         'ABA_MEMORY_MODE', 
 +                         'ABA_MPI_MESSAGE_TRACKING', 
 +                         'ABA_MPI_VERBOSE_LEVEL', 
 +                         'ABA_PATH', 
 +                         'ABAQUS_CSE_RELTIMETOLERANCE', 
 +                         'ABA_RESOURCE_MONITOR', 
 +                         'ABA_RESOURCE_USEMALLINFO', 
 +                         'ABAQUS_LANG', 
 +                         'ABAQUS_CSE_CURRCONFIGMAPPING', 
 +                         'ABAQUS_MPF_DIAGNOSTIC_LEVEL', 
 +                         'ABAQUSLM_LICENSE_FILE', 
 +                         'ABQ_CRTMALLOC', 
 +                         'ABQ_DATACHECK', 
 +                         'ABQ_RECOVER', 
 +                         'ABQ_RESTART', 
 +                         'ABQ_SPLITFILE', 
 +                         'ABQ_XPL_WINDOWDUMP', 
 +                         'ABQ_XPL_PARTITIONSIZE', 
 +                         'ABQLMHANGLIMIT', 
 +                         'ABQLMQUEUE', 
 +                         'ABQLMUSER', 
 +                         'CCI_RENDEZVOUS', 
 +                         'DOMAIN', 
 +                         'DOMAIN_CPUS', 
 +                         'DOUBLE_PRECISION', 
 +                         'FLEXLM_DIAGNOSTICS', 
 +                         'FOR0006', 
 +                         'FOR0064', 
 +                         'FOR_IGNORE_EXCEPTIONS', 
 +                         'FOR_DISABLE_DIAGNOSTIC_DISPLAY', 
 +                         'LD_PRELOAD', 
 +                         'MP_NUMBER_OF_THREADS', 
 +                         'MPC_GANG', 
 +                         'MPI_FLAGS', 
 +                         'MPI_FLUSH_FCACHE', 
 +                         'MPI_RDMA_NENVELOPE', 
 +                         'MPI_SOCKBUFSIZE', 
 +                         'MPI_USE_MALLOPT_MMAP_MAX', 
 +                         'MPI_USE_MALLOPT_MMAP_THRESHOLD', 
 +                         'MPI_USE_MALLOPT_SBRK_PROTECTION', 
 +                         'MPI_WORKDIR', 
 +                         'MPCCI_DEBUG', 
 +                         'MPCCI_CODEID', 
 +                         'MPCCI_JOBID', 
 +                         'MPCCI_NETDEVICE', 
 +                         'MPCCI_TINFO', 
 +                         'MPCCI_SERVER', 
 +                         'MPIEXEC_AFFINITY_TABLE', 
 +                         'ABAQUS_CCI_DEBUG', 
 +                         'NCPUS', 
 +                         'OMP_DYNAMIC', 
 +                         'OMP_NUM_THREADS',  
 +                         'OUTDIR', 
 +                         'PAIDUP', 
 +                         'PARALLEL_METHOD', 
 +                         'RAIDEV_NDREG_LAZYMEM', 
 +                         'ABA_SYMBOLIC_GENERALCOLLAPSE', 
 +                         'ABA_SYMBOLIC_GENERAL_MAXCLIQUERANK', 
 +                         'ABA_ADM_MINIMUMINCREASE', 
 +                         'ABA_ADM_MINIMUMDECREASE', 
 +                         'IPATH_NO_CPUAFFINITY', 
 +                         'MALLOC_MMAP_THRESHOLD_', 
 +                         'ABA_EXT_SIMOUTPUT', 
 +                         'SMA_WS', 
 +                         'SMA_PARENT', 
 +                         'SMA_PLATFORM', 
 +                         'ABA_PRE_DECOMPOSITION', 
 +                         'ACML_FAST_MALLOC', 
 +                         'ACML_FAST_MALLOC_CHUNK_SIZE', 
 +                         'ACML_FAST_MALLOC_MAX_CHUNKS', 
 +                         'ACML_FAST_MALLOC_DEBUG', 
 +                         'MKL_NUM_THREADS', 
 +                         'MKL_DYNAMIC') 
 + 
 +import driverUtils, os 
 +#-*- mode: python -*- 
 + 
 +############################################################################# 
 +#                                                                           # 
 +#    Compile and Link command settings for the Linux 64 Platform            # 
 +#                 ( AMD Opteron / Intel EM64T )                             # 
 +#                                                                           # 
 +############################################################################# 
 + 
 +import os, re, glob, driverUtils 
 + 
 +#MPI implementation handling 
 +mpiCppImpl = '' 
 +mp_rsh_command = 'ssh -n -l %U %H %C' 
 +mp_mpi_implementation = IMPI 
 +#mp_mpi_implementation = IMPI #<--- Uncomment this line and comment above line to switch to IMPI 
 +if mp_mpi_implementation == PMPI: 
 +    pmpipath = driverUtils.locateFile(os.environ.get('ABA_PATH', ''), 'pmpi-9.1.2/bin', 'mpirun') 
 +    mp_mpirun_path = {PMPI: pmpipath} 
 +    mpiCppImpl = '-DABQ_MPI_PMPI' 
 +if mp_mpi_implementation == IMPI: 
 +    #impipath = driverUtils.locateFile(os.environ.get('ABA_PATH', ''), 'impi-4.1.1/bin', 'mpiexec.hydra') 
 +    impipath = driverUtils.locateFile(os.environ.get('PATH', ''), '/cm/shared/apps/intel/impi_5.0.3/intel64/bin', 'mpiexec.hydra') 
 +    mp_mpirun_path = {IMPI: impipath} 
 +    mpiCppImpl = '-DABQ_MPI_IMPI' 
 +     
 +fortCmd = "ifort"   # <-- Fortran compiler 
 +cppCmd  = "g++"     # <-- C++ compiler 
 + 
 +# Avoid signal trapping by the Fortran RTE 
 +os.environ["FOR_IGNORE_EXCEPTIONS"] = "1" 
 +# Disable messages from the Fotran RTE 
 +os.environ["FOR_DISABLE_STACK_TRACE"] = "1" 
 + 
 +# Do not let QLogic InfiniPath driver set processor affinity. 
 +os.environ["IPATH_NO_CPUAFFINITY"] = "1" 
 + 
 +# Add the flag "-free" to the compile_fortran command below to use free-format FORTRAN 90 syntax. 
 + 
 +compile_fortran = [fortCmd, 
 +                   '-V', 
 +                   '-c', '-fPIC', '-auto', '-mP2OPT_hpo_vec_divbyzero=F', '-extend_source', 
 +                   '-fpp', '-WB', '-I%I'] 
 + 
 +# Additional command-line options for the Intel C/C++ Compilers: 
 +# '-cxxlib', '-Kc++eh', '-Krtti', '-Kc++', '-pc64', '-restrict', '-i-dynamic', 
 +# '-we1011', '-we120',  '-we117', '-we556', '-we144', '-we268', '-we1224', '-we167', '-we880' 
 + 
 +compile_cpp = [cppCmd, 
 +               '-c', '-fPIC', '-w', '-Wno-deprecated', '-DTYPENAME=typename', 
 +               '-D_LINUX_SOURCE', '-DABQ_LINUX', '-DABQ_LNX86_64', '-DSMA_GNUC', 
 +               '-DFOR_TRAIL', '-DHAS_BOOL', '-DASSERT_ENABLED', 
 +               '-D_BSD_TYPES', '-D_BSD_SOURCE', '-D_GNU_SOURCE', 
 +               '-D_POSIX_SOURCE', '-D_XOPEN_SOURCE_EXTENDED', '-D_XOPEN_SOURCE', 
 +               '-DHAVE_OPENGL', '-DHKS_OPEN_GL',  '-DGL_GLEXT_PROTOTYPES', 
 +               '-DMULTI_THREADING_ENABLED', '-D_REENTRANT', 
 +               '-DABQ_MPI_SUPPORT', '-DBIT64', '-D_LARGEFILE64_SOURCE', '-D_FILE_OFFSET_BITS=64',                 
 +               mpiCppImpl, 
 +               # '-O0', # <-- Optimization level 
 +               # '-g',  # <-- Debug symbols 
 +               '-I%I'] 
 + 
 +compile_fmu = [cppCmd, 
 +               '-c', '-fPIC','-I%I'] 
 + 
 +link_fmu = [cppCmd, 
 +            '-fPIC', '-shared', '-o', '%J', '%M'] 
 + 
 +link_sl = [fortCmd, 
 +           '-V',            
 +           '-cxxlib', '-fPIC', '-threads', '-shared', 
 +           '%E', '-Wl,-soname,%U', '-o', '%U', '%F', '%A', '%L', '%B', '-parallel',            
 +           '-Wl,-Bdynamic', '-i-dynamic', '-lifport', '-lifcoremt', '-lmpi'] 
 + 
 +link_exe = [cppCmd, 
 +            '-fPIC', 
 +            '-Wl,-Bdynamic', '-o', '%J', '%F', '%M', '%L', '%B', '%O', '-lpthread', '-lm', '-lifcoremt'] 
 + 
 +# Remove the temporary names from the namespace 
 +del cppCmd 
 +del fortCmd 
 +del mpiCppImpl 
 +if mp_mpi_implementation == PMPI: 
 +    del pmpipath 
 +if mp_mpi_implementation == IMPI:     
 +    del impipath 
 + 
 + 
 +graphicsEnv = driverUtils.locateFile(os.environ['ABA_PATH'],'site','graphicsConfig','env') 
 +if graphicsEnv: 
 +    execfile(graphicsEnv) 
 +else: 
 +    raise 'Cannot find the graphics configuration environment file (graphicsConfig.env)' 
 + 
 +del driverUtils, os, graphicsEnv 
 +license_server_type=FLEXNET 
 + 
 +run_mode=INTERACTIVE 
 + 
 +mp_host_list=(('n16-021',16),('n16-026',16),) 
 + 
 +</code>
  • doku/abaqus6.1429169159.txt.gz
  • Last modified: 2015/04/16 07:25
  • by jz