Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
doku:abaqus6 [2015/04/16 07:26] – jzdoku:abaqus6 [2015/09/30 13:04] (current) – markus
Line 23: Line 23:
  
 abq6141 env=mp_host_list job=bb_aba1 cpus=$cpus parallel=domain domains=32 mp_mode=mpi input=input_file</code> abq6141 env=mp_host_list job=bb_aba1 cpus=$cpus parallel=domain domains=32 mp_mode=mpi input=input_file</code>
 +
 +
 +abaqus_v6.env:
 +<code>
 +#
 +#        System-Wide Abaqus Environment File
 +#       -------------------------------------
 +standard_parallel = ALL
 +mp_mode = MPI
 +scratch  = "/fhgfs"
 +mp_file_system = (DETECT,DETECT)
 +mp_num_parallel_ftps = (4, 4)
 +mp_environment_export = ('MPI_PROPAGATE_TSTP',
 +                         'ABA_CM_BUFFERING',
 +                         'ABA_CM_BUFFERING_LIMIT',
 +                         'ABA_ITERATIVE_SOLVER_VERBOSE',
 +                         'ABA_DMPSOLVER_BWDPARALLELOFF',
 +                         'ABA_ELP_SURFACE_SPLIT',
 +                         'ABA_ELP_SUSPEND',
 +                         'ABA_HOME',
 +                         'ABA_MEMORY_MODE',
 +                         'ABA_MPI_MESSAGE_TRACKING',
 +                         'ABA_MPI_VERBOSE_LEVEL',
 +                         'ABA_PATH',
 +                         'ABAQUS_CSE_RELTIMETOLERANCE',
 +                         'ABA_RESOURCE_MONITOR',
 +                         'ABA_RESOURCE_USEMALLINFO',
 +                         'ABAQUS_LANG',
 +                         'ABAQUS_CSE_CURRCONFIGMAPPING',
 +                         'ABAQUS_MPF_DIAGNOSTIC_LEVEL',
 +                         'ABAQUSLM_LICENSE_FILE',
 +                         'ABQ_CRTMALLOC',
 +                         'ABQ_DATACHECK',
 +                         'ABQ_RECOVER',
 +                         'ABQ_RESTART',
 +                         'ABQ_SPLITFILE',
 +                         'ABQ_XPL_WINDOWDUMP',
 +                         'ABQ_XPL_PARTITIONSIZE',
 +                         'ABQLMHANGLIMIT',
 +                         'ABQLMQUEUE',
 +                         'ABQLMUSER',
 +                         'CCI_RENDEZVOUS',
 +                         'DOMAIN',
 +                         'DOMAIN_CPUS',
 +                         'DOUBLE_PRECISION',
 +                         'FLEXLM_DIAGNOSTICS',
 +                         'FOR0006',
 +                         'FOR0064',
 +                         'FOR_IGNORE_EXCEPTIONS',
 +                         'FOR_DISABLE_DIAGNOSTIC_DISPLAY',
 +                         'LD_PRELOAD',
 +                         'MP_NUMBER_OF_THREADS',
 +                         'MPC_GANG',
 +                         'MPI_FLAGS',
 +                         'MPI_FLUSH_FCACHE',
 +                         'MPI_RDMA_NENVELOPE',
 +                         'MPI_SOCKBUFSIZE',
 +                         'MPI_USE_MALLOPT_MMAP_MAX',
 +                         'MPI_USE_MALLOPT_MMAP_THRESHOLD',
 +                         'MPI_USE_MALLOPT_SBRK_PROTECTION',
 +                         'MPI_WORKDIR',
 +                         'MPCCI_DEBUG',
 +                         'MPCCI_CODEID',
 +                         'MPCCI_JOBID',
 +                         'MPCCI_NETDEVICE',
 +                         'MPCCI_TINFO',
 +                         'MPCCI_SERVER',
 +                         'MPIEXEC_AFFINITY_TABLE',
 +                         'ABAQUS_CCI_DEBUG',
 +                         'NCPUS',
 +                         'OMP_DYNAMIC',
 +                         'OMP_NUM_THREADS', 
 +                         'OUTDIR',
 +                         'PAIDUP',
 +                         'PARALLEL_METHOD',
 +                         'RAIDEV_NDREG_LAZYMEM',
 +                         'ABA_SYMBOLIC_GENERALCOLLAPSE',
 +                         'ABA_SYMBOLIC_GENERAL_MAXCLIQUERANK',
 +                         'ABA_ADM_MINIMUMINCREASE',
 +                         'ABA_ADM_MINIMUMDECREASE',
 +                         'IPATH_NO_CPUAFFINITY',
 +                         'MALLOC_MMAP_THRESHOLD_',
 +                         'ABA_EXT_SIMOUTPUT',
 +                         'SMA_WS',
 +                         'SMA_PARENT',
 +                         'SMA_PLATFORM',
 +                         'ABA_PRE_DECOMPOSITION',
 +                         'ACML_FAST_MALLOC',
 +                         'ACML_FAST_MALLOC_CHUNK_SIZE',
 +                         'ACML_FAST_MALLOC_MAX_CHUNKS',
 +                         'ACML_FAST_MALLOC_DEBUG',
 +                         'MKL_NUM_THREADS',
 +                         'MKL_DYNAMIC')
 +
 +import driverUtils, os
 +#-*- mode: python -*-
 +
 +#############################################################################
 +#                                                                           #
 +#    Compile and Link command settings for the Linux 64 Platform            #
 +#                 ( AMD Opteron / Intel EM64T )                             #
 +#                                                                           #
 +#############################################################################
 +
 +import os, re, glob, driverUtils
 +
 +#MPI implementation handling
 +mpiCppImpl = ''
 +mp_rsh_command = 'ssh -n -l %U %H %C'
 +mp_mpi_implementation = IMPI
 +#mp_mpi_implementation = IMPI #<--- Uncomment this line and comment above line to switch to IMPI
 +if mp_mpi_implementation == PMPI:
 +    pmpipath = driverUtils.locateFile(os.environ.get('ABA_PATH', ''), 'pmpi-9.1.2/bin', 'mpirun')
 +    mp_mpirun_path = {PMPI: pmpipath}
 +    mpiCppImpl = '-DABQ_MPI_PMPI'
 +if mp_mpi_implementation == IMPI:
 +    #impipath = driverUtils.locateFile(os.environ.get('ABA_PATH', ''), 'impi-4.1.1/bin', 'mpiexec.hydra')
 +    impipath = driverUtils.locateFile(os.environ.get('PATH', ''), '/cm/shared/apps/intel/impi_5.0.3/intel64/bin', 'mpiexec.hydra')
 +    mp_mpirun_path = {IMPI: impipath}
 +    mpiCppImpl = '-DABQ_MPI_IMPI'
 +    
 +fortCmd = "ifort"   # <-- Fortran compiler
 +cppCmd  = "g++"     # <-- C++ compiler
 +
 +# Avoid signal trapping by the Fortran RTE
 +os.environ["FOR_IGNORE_EXCEPTIONS"] = "1"
 +# Disable messages from the Fotran RTE
 +os.environ["FOR_DISABLE_STACK_TRACE"] = "1"
 +
 +# Do not let QLogic InfiniPath driver set processor affinity.
 +os.environ["IPATH_NO_CPUAFFINITY"] = "1"
 +
 +# Add the flag "-free" to the compile_fortran command below to use free-format FORTRAN 90 syntax.
 +
 +compile_fortran = [fortCmd,
 +                   '-V',
 +                   '-c', '-fPIC', '-auto', '-mP2OPT_hpo_vec_divbyzero=F', '-extend_source',
 +                   '-fpp', '-WB', '-I%I']
 +
 +# Additional command-line options for the Intel C/C++ Compilers:
 +# '-cxxlib', '-Kc++eh', '-Krtti', '-Kc++', '-pc64', '-restrict', '-i-dynamic',
 +# '-we1011', '-we120',  '-we117', '-we556', '-we144', '-we268', '-we1224', '-we167', '-we880'
 +
 +compile_cpp = [cppCmd,
 +               '-c', '-fPIC', '-w', '-Wno-deprecated', '-DTYPENAME=typename',
 +               '-D_LINUX_SOURCE', '-DABQ_LINUX', '-DABQ_LNX86_64', '-DSMA_GNUC',
 +               '-DFOR_TRAIL', '-DHAS_BOOL', '-DASSERT_ENABLED',
 +               '-D_BSD_TYPES', '-D_BSD_SOURCE', '-D_GNU_SOURCE',
 +               '-D_POSIX_SOURCE', '-D_XOPEN_SOURCE_EXTENDED', '-D_XOPEN_SOURCE',
 +               '-DHAVE_OPENGL', '-DHKS_OPEN_GL',  '-DGL_GLEXT_PROTOTYPES',
 +               '-DMULTI_THREADING_ENABLED', '-D_REENTRANT',
 +               '-DABQ_MPI_SUPPORT', '-DBIT64', '-D_LARGEFILE64_SOURCE', '-D_FILE_OFFSET_BITS=64',                
 +               mpiCppImpl,
 +               # '-O0', # <-- Optimization level
 +               # '-g',  # <-- Debug symbols
 +               '-I%I']
 +
 +compile_fmu = [cppCmd,
 +               '-c', '-fPIC','-I%I']
 +
 +link_fmu = [cppCmd,
 +            '-fPIC', '-shared', '-o', '%J', '%M']
 +
 +link_sl = [fortCmd,
 +           '-V',           
 +           '-cxxlib', '-fPIC', '-threads', '-shared',
 +           '%E', '-Wl,-soname,%U', '-o', '%U', '%F', '%A', '%L', '%B', '-parallel',           
 +           '-Wl,-Bdynamic', '-i-dynamic', '-lifport', '-lifcoremt', '-lmpi']
 +
 +link_exe = [cppCmd,
 +            '-fPIC',
 +            '-Wl,-Bdynamic', '-o', '%J', '%F', '%M', '%L', '%B', '%O', '-lpthread', '-lm', '-lifcoremt']
 +
 +# Remove the temporary names from the namespace
 +del cppCmd
 +del fortCmd
 +del mpiCppImpl
 +if mp_mpi_implementation == PMPI:
 +    del pmpipath
 +if mp_mpi_implementation == IMPI:    
 +    del impipath
 +
 +
 +graphicsEnv = driverUtils.locateFile(os.environ['ABA_PATH'],'site','graphicsConfig','env')
 +if graphicsEnv:
 +    execfile(graphicsEnv)
 +else:
 +    raise 'Cannot find the graphics configuration environment file (graphicsConfig.env)'
 +
 +del driverUtils, os, graphicsEnv
 +license_server_type=FLEXNET
 +
 +run_mode=INTERACTIVE
 +
 +mp_host_list=(('n16-021',16),('n16-026',16),)
 +
 +</code>
  • doku/abaqus6.1429169205.txt.gz
  • Last modified: 2015/04/16 07:26
  • by jz